มัสยิดในมะลากาเสี่ยงถูกกระทบจากปัญหาน้ำทะเลหนุนสูงขึ้นทุกปี

มาเลเซียเป็นประเทศหนึ่งในโลกที่สร้างเกาะในทะเลขึ้นด้วยน้ำมือมนุษย์เช่นเดียวกับในดูไบ จากปัญหาสภาวะเรือนกระจก ซึ่งส่งผลให้โลกร้อนขึ้น นำมาซึ่งการละลายของน้ำแข็งขั้วโลก ทำให้ปริมาณน้ำในทะเล-มหาสมุทรเพิ่มสูงขึ้น จนกระทบเป็นลูกโซ่มาสู่การเปลี่ยนแปลงของชายฝั่งทะเลในประเทศต่างๆ  ทำให้มัสยิด Malacca Straits Mosque อันงดงามที่ตั้งอยู่บนเกาะบริเวณช่องแคบมะละกาที่สร้างโดยการถมทะเลออกไป กำลังได้รับผลกระทบเนื่องจากขณะนี้ระดับน้ำทะเลสูงขึ้น ห่างจากตัวมัสยิดที่ตั้งอยู่บนเสาตอม่อเพียง 1 เมตร

รัฐบาลมาเลย์ได้ตระหนักถึงปัญหานี้ตั้งแต่หลายปีที่ผ่านมา และได้ตั้งสถานีอุทกศาสตร์ขึ้นเพื่อเฝ้าติดตามสังเกตระดับน้ำ 12 แห่ง ตลอดชายฝั่งมาเลย์ตะวันตก และอีก 9 แห่งตลอดแนวชายฝั่งรัฐซาบาฮฺ และซาราวัก (ฝั่งมาเลย์ตะวันออก)

เกาะที่มนุษย์สร้างขึ้นบริเวณชายฝั่งรัฐมะละกามี 2 เกาะ พื้นที่ขนาด 40 และ 50 เฮคเตอร์ (100 เฮคเตอร์ = 1 ตารางกิโลเมตร) โดยมีการทำโครงการ Twin Island City Center ขึ้น และมัสยิดถูกสร้างขึ้นร่วมอยู่ในโครงการนี้

แม้จะมีการคำนวณทางวิศวกรรมระดับเซียนแล้วก็ตาม ปัจจุบันพบว่าสิ่งก่อสร้างด้วยน้ำมือมนุษย์ดังกล่าวกีดขวางเส้นทางของกระแสน้ำโดยธรรมชาติ และดึงดูดโคลนตมให้เข้ามาสะสมทำให้ร่องน้ำเปลี่ยนไป ซึ่งปัญหานี้เกิดขึ้นที่ดูไบเช่นกัน